こちらのオブジェクトは4つのオブジェクトを「球 + ドーナツ - 円柱1 - 円柱2」以下のブール演算で作っています。

このうち球を入力オブジェクトとして使用したままシーンから削除すると、ブーリアンの結果が起こしくなってしまいます。

感覚的には「 球+ ドーナツ - 円柱1 - 円柱2 」となりそうに思いますが、演算子はそのままで入力オブジェクト名のみが繰り上がって「ドーナツ + 円柱1 - 円柱2」となっている事が原因です。

球を入力オブジェクトから除去してから削除するか、いきなり削除した場合は「ドーナツ - 円柱1 - 円柱2」となるようにブール演算を編集してください。