Boolean で作られたオブジェクトを滑らかにしようとスムーズ メッシュを掛けると、主に接合部分が期待した結果と異なります。
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接合部分を滑らかにするには、入力メッシュにスムーズメッシュを掛ける必要があります。
アトリビュートエディタの polyBoolean スタック で目的のレイヤを選択して[RMB] > スムーズ メッシュ出力を使用=ON とすると、入力オブジェクト本体にスムーズ メッシュを掛けなくもと、スムーズ メッシュが掛かった結果を入力オブジェクトして Boolean 計算が行われます。
複数のレイヤを選択して [RMB] > スムーズ メッシュ出力を使用=ON で一斉に設定することもできます。