このシーン「Snene」には defaultLayer,L_spher,Lcube の3つのレンダーレイヤが存在しています。 レンダーレイヤは ハイパーシェード > レンダリング のタブでも確認することができます。
 defaultLayer |
 L_sphere |
 L_cube |
このシーンをリファレンスとして読み込みます。
リファレンスを読み込んだシーンで レンダリングの設定 の画面を見ると、オリジナルシーンにはあったレンダーレイヤがみえません。 レンダーレイヤの情報は ハイパーシェード > レンダリング のタブで確認すると読み込まれてはいますが、赤い文字で表示されています。
「レンダリングの設定 (Render Setup)」機能はリファレンスに対応していないため、その一部機能であるレンダーレイヤも対応していないためにこのようになります。
レンダーレイヤを含むファイルをリファレンスしたシーンでレンダーレイヤを使用するには以下の方法が考えられますが、リファレンスを含むシーンのレンダーレイヤはリファレンスで読み込んだノードで構築することをお勧めします。