HeightMap作成時に、Tile Samplerを使用してShapeを散布するとScaleやPosition、Rotationをランダムに変更することが可能です。
ただし、Scaleを変更しただけですと、Heightの値に変更が加わっていないため小さいShapeのHeightが大きいShapeが合わなくなってしまいます。
そんな時は、Colorセクションの下にあるColor Parametrization ModeをScaleに変更します。
その後、Color Parametrizaton Multiplierの値を1に設定します。
これにより散布したShapeの大きさにより、散布したShapeのスケールにあわせてColorを変更するため、小さいShapeのHeightを暗くし、低くすることができます。