Maya でスキャン実施後に"Recommend: Quite Maya. Load..."と表示された場合、このシーンはリファレンスを含んでいます。　スキャンではリファレンスで読み込まれたファイルはスキャンできませんので、別途スキャン＆クリーニングを行う必要がございます。

ここでは item.mb をリファレンスで読み込んだ stage.mb で手順をご説明いたします。

1. 起動中のMayaを終了します。
   　
2. 以下のファイルを削除して、Mayaを起動。
   C:\Users\<ユーザ名>\Documents\ maya\scripts\userSetup.mel
   　
3. ウィンドウ > 設定/プリファレンス > プラグインマネージャ で MayaScanner を無効にします。
   　
4. ファイル > シーンを開く…□ でオプション画面を開き、リファレンス オプション > ロード設定＝「リファレンスのロードなし」 として stage.mb（リファレンスを含むシーン）を開きます。
   この時シーン上のリファレンスは以下のようになります。
   　
5. ウィンドウ > 設定/プリファレンス > プラグインマネージャ で MayaScanner を有効にします。
   　
6. ファイル > Scan > Scan Current Scene を実行。
   問題が発見された場合はクリーニングするか否かを聞かれますので[はい] > [Save & Quit] とします。　これで stage.mb（リファレンスを含むシーン）はクリーニングされ、Mayaは自動的に終了します。
   　
7. 再度Mayaを起動します。
   　
8. ファイル > Scan > Scan File... で item.mb（リファレンスとして読み込まれるファイル）を指定し、問題が発見された場合はクリーニングするか否かを聞かれますので[はい] > [Save & Quit] とします。　これで item.mb（リファレンスとして読み込まれるファイル）はクリーニングされ、Mayaは自動的に終了します。
   stage.mb（リファレンスを含むシーン）が複数のファイルをリファレンスしている場合は、それぞれの元ファイル（item.mb に相当するファイル）でこの作業を行います。
   　
9. 再度Mayaを起動します。
   　
10. ファイル > Scan > Scan File... で stage.mb（リファレンスを含むシーン）を指定し、このシーンに問題がないことを確認してから リファレンスエディタで該当するリファレンスを有効にします。
    念のため Scan Current Scene を実行して問題がないことを確認してからご使用ください。