hou.Geometry に属するメソッドとして deletePrimsOutsideBoundingBox() があります。
引数 bbox に hou.BoundingBox などから取得した境界ボックスを指定することで、その境界ボックスから「完全に」外にあるプリミティブを削除します。
これで範囲 xmin=-5, ymin=-5, zmin=-5, xmax=5, ymax=5, zmax=5 より完全に外にあるプリミティブを削除します。
ただし「完全に」外にあるプリミティブしか破壊しないため、境界を含むプリミティブは破壊されません。実際上の例でも大外のプリミティブ（下の赤い部分）は残ります。
