こちらの機能はSubstance Painter 1.7以降で可能です。
以前から搭載されている機能ですが、ご紹介したことがなかったのでご紹介いたします。

Substance Painterには、ライティングをベイクするベイカーは用意されていません。
その代わり、シェーディングをBase Colorに適用するフィルターが用意されています。

まずは通常のMaterial Modeでテクスチャを完成させます。
PBRマテリアルを使用して作成したテクスチャです。

３Dビューで２Dビューでもライティングおよび環境マップの映り込みが行われています。

Base Color表示のみにすると色情報のみとなり、シェーディングなどは表示されません。

ペイントレイヤーを追加し、モードをPaththroughに設定します。

これによりここまでペイントした結果を1つのレイヤーにまとめて表示することができます。

次にレイヤーにAdd Filterでフィルタを作成します。

Baked Lighting Environmentフィルターを適用します。

フィルターのEnvironmentに焼き付けたい環境マップをドラッグします。

この状態で表示モードをBase Colorに設定します。

すると、下記のようにBase Colorにスペキュラや写りこみが書き込まれていることがわかります。

Sun Skyセクションの、Sun Intensityでフェイクライトの明るさ、Sky Intensityで環境光や写り込みの強さ、Sun ColorでフェイクライトのライトカラーをSun Vertical Angleでフェイクライトの角度を調整することができます。

この状態でBase Colorを保存することで、あたかもシェーディングされているように見せることができます。