Mayaで一度にロードできるHoudini Enginのバージョンは一つのみです。
ですが、起動前に下記のファイルを変更することでMayaに読み込まれるHoudini Enginのバージョンを変更することが可能です。

C:\Program Files\Autodesk\Mayaバージョン\modules\houdiniEngine-mayaバージョン

例　Maya2018の場合

C:\Program Files\Autodesk\Maya2018\modules\houdiniEngine-maya2018

上記をテキストエディタで開くと、下記のようにパスが指定されています。

+ houdiniEngine 1.0 C:\Program Files\Side Effects Software\Houdini 16.5.536/engine/maya/maya2018
PATH += C:\Program Files\Side Effects Software\ Houdini 16.5.536/engine/maya/maya2018/../../../bin
HOUDINI_DSO_EXCLUDE_PATTERN={ROP_OpenGL,CHOP_Mouse3D,COP2_GPULighting,COP2_GPUFog,COP2_GPUEnvironment,COP2_GPUZComposite,COP2_EnableGPU,SHOP_OGL,SOP_VDBUI,OBJ_ReLight,VEX_OpRender,USD_Ops}*

この赤字のディレクトリを使用したいHoudiniバージョン（インストール済のもの）に変更することで、MayaにロードされるHoudini Enginのバージョンを変更することが可能です。