Toolkitで一度Publishしたデータを完全に消したい場合の方法となります。
OtherからPublished Files に行って消したいPublishデータを選んで
右クリックから削除します。



さらに該当のファイルを、ディレクトリから消去（またはリネーム）してください。
これだけでは、ToolkitのメニューのLoaderなどからはすぐには消えません。

Work Area Infoの中



Reload Engine and Apps　を選択します。



これで、Loader などからの表示も消すことができます。

ちなみに、Reload Engine and Apps　の操作は、
sgtk.platform.restart()　のコマンドでも行えます。