はい、HoudiniFX、HoudiniCoreにはHoudiniEngineのライセンスが含まれております。
そのため、基本的に機能は同じです。

しかし、ライセンス形式によって挙動が異なります。

ワークステーションライセンスの場合、そのライセンスがインストールされた PC 上では、 Houdini FX のライセンスを使ってHoudini Engine の機能を使うことが出来ます。
つまりは、ワークステーションライセンスであれば、 Houdini FX WS のライセンス1本で、Houdini FX と Maya +Houdini Engine プラグインを同時に使用することが可能です。

フローティングライセンス (LAL) の場合、クライアントPCで、Houdini FX と Houdini Engineを同時に使用するには、 Houdini FX のライセンス1本とHoudini Engine のライセンス1本が必要です。つまり、Houdini FXまたはHoudini Coreのライセンス1本だけ所有している状態で、Maya を起動しHoudini Engine プラグインをロードし、HDA を読み込むと、Houdini FX/Coreのライセンスが消費されてしまいます。この場合、Maya を終了しない限り、Houdini FX/Core を起動することが出来ません。