Denoiseノードを使用すると以下のサンプルのようにノイズを除去することが可能です。

ノイズを除去したい素材にDenoiseノードのSorceパイプをつなげます。するとビューワの上に解析領域を移動してくださいという警告が出ます。

左下に表示される解析ボックスを移動させます。移動させると警告がなくなり、Denoiseノードのエフェクトが有効になります。

分析ボックスの中で採取されたサンプルで解析がされます。解析ボックスの位置によって検出されるノイズが変わります。

PropertiesのOutputをNoiseに変更してみると検出されたノイズが表示されます。

Outputの結果を見ながらPropertiesを調整します。

Denoiseノードのプロパティ、ビデオチュートリアルの詳細は以下ページを参照ください。

http://help.thefoundry.co.uk/nuke/9.0/Default.html#cshid=Denoise2