ハイパーグラフ階層 > オプション > ノード表示のオーバーライド カラー を有効にしていてもハイパーグラフに表示されているノードにオーバーライドカラーが適用されない場合があります。
この時はアトリビュートエディタなどで、オーバーライド > カラー の部分の設定を確認してみてください。 RGBとなっているときにはハイパーシェードでのオーバーライドカラーは更新されません。
ハイパーグラフのノードにオーバーライドカラーを反映させたい場合は、描画オーバーライド > カラー=インデックス としてご使用下さい。