■問題
Maya2017update4のMayaにおいて、ファイルダイアログのファイルやフォルダの表示順が変わっています。Maya2017update3までは、フォルダとファイルが分けられて表示されておりましたが、
Maya2017update4では、フォルダとファイルが混在して表示されます。
この問題は、ファイルダイアログの設定が Maya Default 設定時のみ発生します。

■解決方法
2017年6月現在、Maya2017update4ではMaya2017update3以前のファイルダイアログの表示に戻す方法はありません。

Mayaのファイルダイアログの設定を OS Native に設定することで同様の表示が可能になるので、OS Native のファイアダイアログで問題がなければ、こちらの設定に切り替えて下さい。

ファイルダイアログの設定の変更は、Mayaの上部メニュー Windows > Setting/Preferences > Preferences でプリファレンスを開き、左カラムより Files/Projects を選択して File Dialog > Dialog Style より設定可能です。