管理者権限等の問題でプログラムの削除ではサービスがアンインストールされない場合があります。
また、AfterFLICS_Toolsのバージョンが3.5になっている場合でも本体となるサービスが古いままと言う事もあります。
この場合、手動でサービスのアンインストール及びインストールを行う事で状態を最新の状態に出来ます。
方法は以下の通りです。

1.AfterFLICS_Tools.exeを立ち上げます。

2.メニューの「Service」から「Stop」を行いサービスを停止します。

3.メニューの「Service」から「Remove」を行いサービスをアンインストールします。

4.AFLICSフォルダの中から「AfterFLICS.lic」ライセンスファイルを残してすべて削除します。

次に新しいサーバーアプリを入れます。

1.以下の手段を使用してAfterFLICSのファイルを入手します。

Sitni Sati Members Area の登録、製品ダウンロードについて
https://support.borndigital.co.jp/hc/ja/articles/115002501788

2.AfterFLICS.exeを起動しインストールを行います。

3.AfterFLICS_Tools.exeを立ち上げます。

4.メニューの「Service」から「Install」を行いサービスをインストールします。

5.メニューの「Service」から「Start」を行いサービスを開始します。

これでサービスを新しいバージョンへ更新する事が出来ます。