Backburnerを入れ替えたり上書きした場合、昔のユーザーファイルが残っています。
Backburnerはバージョンの管理が厳しく昔のユーザーファイルが残っている場合、
不具合が起きやすくなります。
この方法は起動しない場合、以外にも動作がおかしい場合に取れる初歩的な解決策になります。
なお「backburner」のフォルダには過去のログや未完了のジョブ等の情報が入っています。

以下の手順を行いBackburnerをリセットします。

・Backburnerの初期化
以下のフォルダにある「backburner」を削除します。

C:\Users\（ユーザー名）\AppData\Local\

これで次回起動時に設定が表示されれば初期化は完了です。