Substance Painterプロジェクトには使用するすべてのものがファイルに含まれています：

• ソースメッシュ
• ベイクされたテクスチャ
• マテリアル（Substanceファイルのような）
• ビットマップやレイヤ/プリセット/ブラシストロークで使用された他のリソース

プロジェクトは完全に自立することになりますが、欠点は実際にファイルサイズが大きくなってしまうことです。すべてをプロジェクトファイルに埋め込む理由は、すべてが非破壊的であるという事実から来ています。 つまり、プロジェクトを開くときにプロジェクトが「再構築」されるということです。 1つのブラシまたはマテリアルがシェルフから欠けている場合、プロジェクトは壊れ、正しく再構築することができなくなります。

ファイルサイズを小さくする方法は次のとおりです。

• 未使用のリソースを取り除くには、ファイルメニューの "Clean"と "Save"機能を使用します。
• 追加の未使用データを取り除くために、時々「名前を付けて保存」を実行します。
• テクスチャセットの視覚化に使用するキャッシュテクスチャのディスクフットプリントを減らすには、テクスチャセットを512などの低解像度に設定して保存します。

Windowsでは、プロジェクトファイルは読み取り/書き込みアクセスから保護されているため、Windows Explorerのサイズは、Substance Painterでプロジェクトを閉じるまで正しくないことがあります。