File＞Open SampleからPreview Sphereを開きます。
こちらのデータを使用してご説明いたします。

プロジェクトが開いたら、Emissiveチャンネルを追加してください。

シェルフのSmart MaterialからHull Damagesを現在のレイヤーセットの上にドラッグします。

Hull Damagesというレイヤーセットが展開されますが、ビューポートにはまだ変化はありません。

一番下にPaintable Maskというレイヤーがあり、そのレイヤーに同盟のAnchor Pointが設定されています。

Anchor Pointを選択すると、このAnchor PointがSmokeレイヤーのMask、Sub HullレイヤーのMask、WingレイヤーのMaskでリファレンスされていることがわかります。

例えば、Smoke -Maskとなっている部分の上にマウスのカーソルを置くと、参照しているレイヤーの左側に青いラインが表示され、さらに実際に参照しているエフェクトにも同様に青いラインが表示されます。

実際に参照しているエフェクトを選択すると、Anchor Pointがリファレンスされ、さらにどのチャンネルを参照しているのかがわかります。

下記では、Base Colorを参照していることになります。

ブラシを選択し、ペイントチャンネルをColorのみにします。

この状態で、Paintable Maskレイヤーにペイントを行うとペイントしたBase Colorをリファレンス、Smoke、Sub Hull、Wingにマスクば同時に描画されエフェクトを確認することができます。

ペイントするBase Colorの色、およびOpacityによって、どれくらいの強さでマスクをペイントしているかがきまるため、エフェクトに変化がでます。

このように他のレイヤーで、異なるレイヤーのペイントを参照して、エフェクトを加えることが可能になりました。

ペイントしたBase Colorをリファレンスして、各マスクを作成